加上謚號崇德元年，太宗受尊號，追封始祖為澤王、高祖慶王、曾祖昌王、祖福王，上太祖武皇帝、孝慈皇後尊謚。即日躬祀太廟。翼日，百官表賀。順治元年，進太祖、孝慈後、太宗玉冊、玉寶，奉安太廟。冊長八寸八分，廣三寸九分，厚四分。冊數十，面底二頁鎸升降龍。寶方四寸二分，厚一寸五分，紐高二寸七分，長四寸二分，廣三寸五分，寶盝金質。凡太廟冊、寶皆用玉，色青白，冊文用驪體，寶文如謚號，曰「某祖某宗某皇帝之寶」，後曰「某皇後之寶」。
五年，追尊澤王肇祖原皇帝，妣原皇後；慶王興祖直皇帝，妣直皇後；昌王景祖翼皇帝，妣翼皇後；福王顯祖宣皇帝，妣宣皇後。奉安訖，致禮如時饗。越三日，慶賀如儀。七年，上孝端文皇後尊謚。九年，進四祖帝後冊寶。十八年，上世祖尊謚，前期齋戒，遣官祭告天地、宗廟、社稷。
屆日，帝素服禦太和門，閲冊、寶訖，大學士奉安采亭，校尉舁行，導以禦杖，駕從之。王公百官各於所立位跪俟，隨行。至壽皇殿大門外降輦，入左門，采亭入右門。大學士二人跪奉冊寶陳案上，帝就位，率群臣行三跪九叩禮。贊引奏「跪」，奏「進冊」，奉冊大學士跪左，進帝跪獻。畢，授右跪大學士陳中案。奏「進寶」，如初。奏「宣冊」，宣冊官跪宣：「上尊謚曰體天隆運英睿欽文大德弘功至仁純孝章皇帝，廟號世祖。」宣冊訖，奏「宣寶」，儀亦如之。行禮三跪九叩，致祭同時饗。畢，奉絹冊、寶、祝帛如燎所焚之。大學士二人，奉香冊、寶導梓宮奉安，一跪三叩，翼日頒詔天下。凡上大行帝後尊謚，香冊、香寶獻幾筵後，奉安山陵，絹冊、寶送燎，玉冊、玉寶卜吉藏之太廟，後仿此。
初太祖尊謚曰承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝武皇帝，太宗曰應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝文皇帝。聖祖纘業，加太祖「睿武弘文定業」六字，更廟號高皇帝；太宗「隆道顯功」四字，廟號如故。用禮臣言，俟世祖祔饗後行禮。明年，上慈和皇太後尊謚。二十七年，上孝莊太皇太後尊謚。五十七年，上孝惠皇太後尊謚，後，聖祖嫡母也。祔廟日，命安神位慈和上。
六十一年冬，世宗諭廷臣：「皇考繼統，本應稱宗，但經雲：祖有功，宗有德。皇考手定太平，論繼統為守成，論勛業為開創，宜崇祖號，以副豐功。其確議之。」議言：「按禮經：有虞氏禘黃帝而郊嚳，祖顓頊而宗堯。而舜典雲：舜格文祖。注曰堯廟。歸格藝祖，復釋為堯之祖。合之祖顓頊，則有三祖矣。宋陳祥道雲：凡配天者皆得稱祖。國語展禽謂有虞氏祖高陽而郊堯，堯所以稱文祖也。顓頊至堯，並黃帝子孫，故皆稱祖。又周禮大宗伯：祫、禘、追享、朝享。解雲：古者朝廟合群祖而祭焉，故祫曰朝饗，以合群祖為不足，復禘其所自出，故禘曰追饗。夫祖所自出，始祖也，其下曰群祖，則自始祖以下皆可稱祖矣。」又謚議：「帝王功業隆盛，得援祖有功古義稱為祖。竊謂唯聖可揚峻德，唯祖可顯隆功。」議上，稱旨。雍正初元，遂上尊謚，廟號聖祖。復諭：「太祖、太宗、世祖三聖相承，功高德盛；孝莊、孝康、孝惠翼運啟期，懿徽流慶；宜並加謚，俾展孝思。」於是加謚太祖曰端毅，太宗曰敬敏，世祖曰定統建極，而孝慈、孝端及三後並尊謚焉。
於時工部奉神主廟室，魨漆飾金，中書、翰林官各一人書新謚。奏遣大學士二人行填青禮，先期祗告天地、社稷。至日，世宗禮服詣太廟行上尊謚禮。畢，還宮，易袞服，詣奉先殿致祭，後仿此。六年，鎸造列聖、列後玉寶、玉冊暨聖祖皇考、妣冊、寶成，奉之太廟。其儀，太廟潔室設黃案，張采幔兩旁，中陳冊、寶，王大臣朝服將事，帝禦禮服恭閲，一跪三拜，安奉采亭，輿導如前儀。供案訖，帝入行禮如初。冊、寶集中殿，分藏金匱。帝以次上香，一跪三拜，禮成。
高宗踐阼，加列聖、列後尊謚，諭言：「宗廟徽稱有制，報本忱悃靡窮。藉抒至情，不為恆式。」
乾隆四十五年，以列朝冊、寶玉色參差，命選工琢和闐精璆。越二年工竣，祗閲訖，奉太廟如禮。其舊藏十六分，命賚送盛京太廟，尊藏玉檢金繩。自是帝、後祔廟，皆別備冊、寶送盛京，永為制。
嘉慶四年，仁宗守遺訓，著制，凡列聖尊謚已加至二十四字、列後尊謚已加至十六字不覆議加。
功臣配饗，所以顯功，宗親郡王配東廡，文武大臣配西廡。崇德元年，追封皇伯祖禮敦巴圖魯為武功郡王，巴圖魯其名也，配東廡，福晉與焉。並以直義公費英東、弘毅公額亦都配西廡。順治元年，西廡增祀武勛王揚古利，位直義上。九年，復增祀忠義公圖爾格、昭勛公圖賴，昭勛為直義子，忠義為弘毅子，父子配侑，世尤榮之。十一年，東廡增祀通達郡王雅爾哈齊、慧哲郡王額爾袞、宣獻郡王界堪，通達位武功上，而慧哲、宣獻兩福晉亦並侑雲。
康熙九年，定祀東廡用太牢，歲以為常。
雍正二年，西廡增祀文襄公圖海。定功臣配饗儀，前期告太廟。屆日陳采亭，列引仗，奉主至廟西階。拜位在階下，三跪九拜。奉主大臣攝行，還納龕位，一跪三拜。
八年，怡親王允祥配東廡。定王配饗儀，奉主以郡王，迎主用采亭吾仗，至廟東階，拜位在階上。代行禮畢，降自東階，餘如西廡。
九年，進加費英東信勇公，圖爾格果毅公，圖賴雄勇公，圖海忠達公。乾隆中，西廡增祀襄勤伯鄂爾泰，超勇親王策淩，大學士張廷玉，蒙古王、漢大臣侑食自此始。
四十三年，詔：「祖宗創業艱難，懿親藎臣，佐命殊功，從古未有。當時崇封錫爵，酬答從優。以後有及身緣事降削者，有子孫承襲易封者，不為追複舊恩，心實未愜。」於是睿親王多爾袞以元勛懿戚，橫被流言，特旨昭雪。禮烈親王代善，後人改封為巽，已復改為康，鄭獻親王濟爾哈朗改為簡，豫通親王多鐸改為信，肅裕親王豪格改為顯，克勤郡王嶽託改為衍禧，又改為平，均非初號。悉命複舊，並配祀東廡。禮王位宣獻下，睿王等以次列序，位怡王上，而徙策淩列怡王次。
嘉慶元年，西廡增大學士傅恆、福康安、協辦大學士兆惠。福康安即傅忄互子，並封郡王，異姓世臣，被恩最渥。
道光三年，復增大學士阿桂，功臣凡十有二人。
同治四年，東廡增科爾沁親王僧格林沁，功王凡十有三人。
凡時饗，帝上香時，分獻官上香配位前，各分獻不拜。三獻畢，退。祫祭同。
醇賢親王廟光緒十六年，醇賢親王奕枻薨，中旨引高宗濮議辨，應稱所生曰「本生父」，沒稱「本生考」，立廟不祧，祀以天子之禮，合乎「父為士，子為大夫，葬以士，祭以大夫」古義，斯尊親兩全矣。乃定稱號曰「皇帝本生考」。復定廟祀典，建廟新賜邸第，額曰醇賢親王廟。正殿七楹，東、西廡殿，後寢室，各五楹。中門三。門內焚帛亭、祭器亭，其外宰牲亭、神庫、神廚。大門三。殿宇正門中覆黃琉璃，殿脊及門四周上覆綠琉璃。其祀儀、樂舞、祭器、祭品視天子禮。凡時饗以四仲月朔，襲王承祭。帝親行，則襲王陪祀。誕辰、忌日，帝親詣行禮。
謁陵有清肇跡興京，四祖陵並在京西北，稱興京陵。太祖定遼陽，景祖、顯祖二陵徙盛京東南，稱東京陵。嗣是太祖陵當盛京東北，稱福陵；太宗陵當盛京西北，稱昭陵。崇德間，定歲暮、清明祭興京陵，用牛一，遣守陵官行禮。東京陵用牛二，遣宗室、覺羅大臣行禮。福陵用牛一、羊二，遣大臣行禮。國忌、誕辰、孟秋望日，燃香燭，獻酒果，奠帛、讀祝、行禮。朔、望用牛一，具香燭、酒果，遣守陵官致祭，不讀祝、奠帛。
順治八年，封興京陵山曰啟運，東京陵山曰積慶，福陵山曰天柱，昭陵山曰隆業，並從祀方澤，置陵官、陵戶。定祀儀，冬至用牛一、羊一、豕一，餘同前。清明、歲暮、孟秋望日亦如之。十三年，詔立界碑，禁樵採。十五年，移東京陵改祔興京，罷積慶山祀。明年，尊稱為永陵，饗殿、暖閣如制。
